Después de la gran crisis de los jardines botánicos ocurrida al término de las 2 grandes contiendas mundiales, emerge un nuevo concepto de jardín botánico, el dedicado a la preservación de la flora local y conservación de las especies vegetales en peligro. En las Islas Canarias esto tiene una gran importancia al contar con una gran cantidad de endemismos viviendo en un hábitat muy limitado.
Por tanto, los jardines botánicos en la actualidad, sin perder sus valores tradicionales, asumen nuevos retos relacionados con la conservación de la biodiversidad, la educación ambiental y la investigación. En este sentido, el Jardín Botánico de Puerto de la Cruz cuenta con un herbario, un Banco de Germoplasma donde se recogen semillas de plantas autóctonas y en peligro de extinción y un edificio de investigación.
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